Olimpiada organizuojama kasmet trimis etapais: mokyklos, savivaldybės ir šalies.
Šalies etapą sudaro atrankinė ir baigiamoji dalys.

Mokyklos etapas

Mokyklos etapas organizuojamas lapkričio mėnesį ir jame kviečiami dalyvauti visi norintys mokiniai, kurie mokosi Lietuvos Respublikoje,  o taip pat Lietuvos piliečiai besimokantys užsienyje.

Šį etapą organizuoja bendrojo ugdymo mokyklos, profesinio mokymo įstaigos, vaikų neformaliojo švietimo įstaigos.
Mokinių darbus vertina ir mokinius į tolimesnį etapą atrenka šio etapo vertinimo komisijos.

Savivaldybės etapas

Savivaldybės etapą gruodžio mėnesį organizuoja savivaldybės švietimo įstaigos, atsakingos už dalykines olimpiadas savivaldybėje. Mokinių darbus vertina ir mokinius į tolimesnį etapą atrenka šio etapo vertinimo komisijos.

Šalies etapas – atrankinė dalis

Šalies etapo atrankinėje dalyje, kuri organizuojama sausį arba vasarį, kviečiami dalyvauti geriausiai pasirodę savivaldybės etape mokiniai bei praėjusių mokslo metų šalies etapo baigiamosios dalies prizininkai. 

Šalies etapas – baigiamoji dalis

Šalies etapo baigiamojoje dalyje, kuri vyksta kovą arba balandį, kviečiami dalyvauti geriausiai pasirodę šalies etapo atrankinėje dalyje mokiniai. Teisė dalyvauti taip pat gali būti suteikta kituose olimpiadinio programavimo konkursuose geriausiai pasirodžiusiems mokiniams bei nustatytam skaičiui šalies etapą organizuojančios savivaldybės mokinių. 

Šalies etapo baigiamojoje dalyje dalyvauja apie 50 mokinių. Šalies etapo atrankinės ir baigiamosios dalies mokinių darbus vertina ir laimėtojus nustato LMIO mokslinis komitetas.